Nach dem Niedergang des Äusseren Standes 1798 diente das Rathaus kurz dem Helvetischen Senat und ab 1804 immer wieder als Versammlungsort der Eidgenössischen Tagsatzung. Kurz nach dem Übergang des Rathauses von der Stadt an den Kanton Bern wurde das Gebäude 1817 im Innern teilweise renoviert. Es entstand die noch erhaltene klassizistische Ausstattung des Empire-Saals. 1831 wurde hier die revidierte Kantonsverfassung erarbeitet, 1848 die Bundesverfassung beschlossen. Bis 1858 tagte hier der Ständerat, ehe er ins neu erstellte Bundesratshaus (heute Bundeshaus West) wechselte. 1874 wurde im Rathaus die Gründung des Weltpostvereins beschlossen. Neben diesen bloss zeitweiligen Nutzungen diente der Saal dem kulturellen Leben der Stadt.

Mit dem Entstehen neuer Gesellschaftshäuser verblasste die Bedeutung des Rathauses des Äusseren Standes allmählich, sodass es fortan nur noch als öffentliches Versteigerungslokal diente. 1904 erwarb die Eisenwarenhandlung Christen AG das Rathaus und konnte damit seine Geschäftsräume von der Marktgasse her erweitern. Der Empire-Saal war noch bis 1935 vermietet und beherbergte das Alpine Museum, später war er Verkaufsraum für Garten- und Sportartikel.

Verschiedene Nutzungen im Laufe des 20. Jahrhunderts führten zu einem massiven Substanzverlust im Rathaus: Es entstanden Schaufenster anstelle von vier Rundbogenfenstern, was die Fassade erheblich beeinträchtigte. Hinzu kamen: Veränderung des Giebelfelds, Abbruch der Kellergewölbe, Entfernung der Barocktreppe, Umgestaltung des Foyers zu Büroräumen, Ausbruch diverser Fenster an der Hoffassade, Abbruch des Hofbalkons.

Erst das Engagement des Unternehmers Viktor Kleinert und die Gründung einer Stiftung stoppten den Niedergang des ehrwürdigen Hauses, welches 1980 – 1982 umfassend restauriert wurde.